Uno de los principales puntos de desacuerdo es Jerusalén. Para ambos países, la Ciudad Santa es la capital de su territorio. Especialmente controvertida es la titularidad de la zona donde se encuentra la ciudad vieja, la parte conocida como Jerusalén Este.
Otro de los puntos más candentes es el establecimiento de las fronteras y el reconocimiento mutuo de ambos Estados, algo que también pidió el Papa durante su viaje a Tierra Santa.
El Papa Francisco es consciente de la importancia de la estabilidad en Oriente Medio para el equilibrio mundial. También para la permanencia de los cristianos en la tierra de Cristo. Por eso, ha decidido emplear el diálogo y la oración como los mejores medios a su alcance para intentar suavizar unas tensiones que se remontan a principios del siglo XX.