José Ignacio Munilla Aguirre nace en San Sebastián el 13 de noviembre de 1961. Inició los estudios eclesiásticos en el Seminario Mayor de Toledo y los concluyó en San Sebastián. Fue ordenado sacerdote en San Sebastián, por Mons. José María Setién, el 29 de junio de 1986. Posteriormente, obtuvo la licenciatura en Teología, especialización en Espiritualidad, en la Facultad de Teología del Norte de España, sede de Burgos.
Desempeñó su ministerio pastoral como sacerdote en Zumárraga: 1986-1990 como vicario parroquial en la Parroquia Asunción de Nuestra Señora. En 1990 es nombrado párroco de El Salvador hasta el 2006 que es ordenado obispo. Participó como miembro del Consejo Presbiteral de la Diócesis de San Sebastián, por dos cuatrienios, en representación su arciprestazgo.
El 24 de junio de 2006 fue nombrado Obispo de Palencia y tomó posesión de la Diócesis el 10 de septiembre de 2006. El 21 de noviembre de 2009 fue nombrado Obispo de San Sebastián, tomando posesión de la Diócesis el 9 de enero de 2010. Tras doce años como pastor de la Diócesis de San Sebastián, el 7 de diciembre de 2021 fue nombrado Obispo de Orihuela-Alicante y el 12 de febrero de 2022 tomó posesión de esta Diócesis.